habarlar

Soňky on ýylda gen yzygiderliligi tehnologiýasy, rak keselini öwrenmekde we kliniki tejribede giňden ulanyldy we rak keseliniň molekulýar aýratynlyklaryny ýüze çykarmak üçin möhüm gural boldy. Molekulýar diagnoz we maksatly bejergide gazanylan üstünlikler, çişiň takyk bejeriş düşünjeleriniň ösmegine kömek etdi we çiş diagnozynyň we bejergisiniň ähli ugruna uly üýtgeşmeler girizdi. Genetiki synag, rak keseliniň töwekgelçiligini duýdurmak, bejeriş kararlaryny ugrukdyrmak we çaklamany bahalandyrmak üçin ulanylyp bilner we hassalaryň kliniki netijelerini gowulandyrmak üçin möhüm guraldyr. Bu ýerde, CA Cancer J Clin, JCO, Ann Oncol we beýleki alsurnallarda düwnük keselini anyklamakda we bejermekde genetiki barlagyň ulanylyşyny gözden geçirmek üçin soňky makalalary jemleýäris.

Somatiki mutasiýa we germlin mutasiýa. Umuman alanyňda, düwnük ene-atalardan miras bolup bilýän ýa-da ýaşy (somatik mutasiýa) bolup bilýän DNK mutasiýa sebäpli ýüze çykýar. Mikrob çyzygynyň mutasiýalary dogulandan bäri ýüze çykýar we mutator adatça bedeniň her öýjüginiň DNK-synda mutasiýa geçirýär we nesillere geçip bilýär. Somatiki mutasiýa, gametik däl öýjüklerde şahsyýetler tarapyndan gazanylýar we adatça nesillere geçirilmeýär. Germin we somatik mutasiýa, öýjükleriň kadaly işleýşini ýok edip, öýjükleriň ýaramaz üýtgemegine sebäp bolup biler. Somatiki mutasiýa, erbetligiň esasy hereketlendirijisi we onkologiýada iň çaklaýjy biomarkerdir; Şeýle-de bolsa, çiş hassalarynyň takmynan 10-20 göterimi rak keseliniň töwekgelçiligini ep-esli ýokarlandyrýan germin mutasiýalaryny alyp barýarlar we bu mutasiýalaryň käbiri bejeriş usulydyr.
Sürüji mutasiýa we ýolagçy mutasiýa. DNK görnüşleriniň hemmesi öýjükleriň işine täsir etmeýär; Ortaça öýjükleriň kadaly bozulmagyna sebäp bolmak üçin “sürüjiniň mutasiýasy” diýlip atlandyrylýan bäş-on genom hadysasy gerek. Sürüji mutasiýa, köplenç öýjükleriň ösüşini kadalaşdyrmak, DNK bejermek, öýjük siklini dolandyrmak we beýleki durmuş prosesleri bilen baglanyşykly genler ýaly öýjükleriň durmuşy bilen ýakyn baglanyşykly genlerde ýüze çykýar we bejeriş maksatlary hökmünde ulanylmaga mümkinçiligi bar. Şeýle-de bolsa, islendik düwnük keselinde mutasiýalaryň umumy sany gaty köp, käbir döş düwnük kesellerinde birnäçe müňden başlap, käbir üýtgeýän kolorektal we endometrial rak kesellerinde 100,000-den gowrak. Mutasiýalaryň köpüsiniň hiç hili ýa-da çäkli biologiki ähmiýeti ýok, hatda mutasiýa kodlaýyş sebitinde ýüze çyksa-da, beýle ujypsyz mutasiýa hadysalaryna “ýolagçy mutasiýa” diýilýär. Belli bir çiş görnüşindäki gen görnüşi, bejergä ýa-da garşylygy çaklasa, bu wariant kliniki taýdan işleýär.
Onkogenler we çiş ýok ediji genler. Düwnük keselinde ýygy-ýygydan üýtgän genleri takmynan iki kategoriýa bölüp bolar, onkogenler we çiş ýok ediji genler. Adaty öýjüklerde onkogenler bilen kodlanan belok, esasan öýjükleriň köpelmegini we öýjük apoptozynyň öňüni almakda rol oýnaýar, onkosuppressor genleri bilen kodlanan belok, adaty öýjükleriň işleýşini saklamak üçin öýjük bölünişigini negatiw kadalaşdyrmak üçin jogapkärdir. Zyýanly üýtgeşme prosesinde genom mutasiýa onkogen işjeňliginiň güýçlenmegine we onkosuppressor gen işjeňliginiň peselmegine ýa-da ýitmegine getirýär.
Ownuk üýtgeşiklik we gurluş üýtgemegi. Bular genomdaky mutasiýalaryň iki esasy görnüşidir. Kiçijik wariantlar DNK-ny üýtgedýär, pozýar ýa-da az sanly bazany goşýar, şol sanda bazany goýmak, pozmak, täze üýtgetmek, kodon ýitgisini başlamak, kodon ýitgilerini duruzmak we ş.m. Gurluşyň üýtgemegi, genleriň sanyny üýtgetmek, köpeltmek, köpeltmek, köpeltmek ýaly birnäçe müň bazadan uly gen segmentlerini öz içine alýan gen genini üýtgetmekdir. Bu mutasiýa beloklaryň işleýşiniň peselmegine ýa-da ýokarlanmagyna sebäp bolup biler. Aýry-aýry genleriň derejesindäki üýtgeşmelerden başga-da, genom gollary kliniki yzygiderlilik hasabatlarynyň bir bölegidir. Genom gollary, çişiň mutasiýa ýüküni (TMB), mikroshemit durnuksyzlygyny (MSI) we gomologiki rekombinasiýa kemçiliklerini öz içine alýan kiçi we / ýa-da gurluş üýtgemeleriniň çylşyrymly nagyşlary hökmünde görmek mümkin.

Klon mutasiýa we subklonal mutasiýa. Klon mutasiýa ähli çiş öýjüklerinde bar, diagnozda bar we bejerginiň ösüşinden soň bar. Şonuň üçin klon mutasiýa, çişiň bejeriş maksatlary hökmünde ulanylmagy mümkin. Subklonal mutasiýa diňe rak öýjükleriniň bir böleginde bolýar we diagnozyň başynda ýüze çykyp bilýär, ýöne soňraky gaýtalanma bilen ýitýär ýa-da diňe bejergiden soň ýüze çykýar. Düwnük keseliniň birmeňzeşligi, bir düwnükde birnäçe subklonal mutasiýa barlygyny aňladýar. Ablyeri gelende aýtsak, ähli düwnük kesellerinde kliniki taýdan ähmiýetli sürüjiniň mutasiýalarynyň köpüsi klon mutasiýa bolup, rak keseliniň ösüşinde durnukly bolýar. Köplenç subklonlar bilen araçylyk edilýän garşylyk, diagnoz wagtynda ýüze çykyp bilmeýär, ýöne bejergiden soň gaýdyp gelende ýüze çykýar.

Adaty usul Balyk ýa-da öýjükli karotip, hromosomal derejesinde üýtgeşmeleri ýüze çykarmak üçin ulanylýar. Balyk gen birleşmelerini, öçürmeleri we güýçlendirijileri ýüze çykarmak üçin ulanylyp bilner we ýokary takyklygy we duýgurlygy, ýöne çäkli geçirijiligi bilen şeýle görnüşleri ýüze çykarmak üçin “altyn standart” hasaplanýar. Käbir gematologiki näsazlyklarda, esasanam ýiti leýkozda, karýotip ýazmak diagnozy we çaklamany ugrukdyrmak üçin ulanylýar, ýöne bu usul kem-kemden Balyk, WGS we NGS ýaly maksatly molekulýar barlaglar bilen çalşyrylýar.
Aýry-aýry genleriň üýtgemegini PCR, real wagt PCR we sanly düşýän PCR kesgitläp bolýar. Bu usullar ýokary duýgurlyga eýedir, ownuk galyndy lezýonlaryny ýüze çykarmak we gözegçilik etmek üçin has amatlydyr we gysga wagtyň içinde netijeleri alyp biler, ýetmezçiligi ýüze çykaryş çäginiň çäklidigi (köplenç diňe bir ýa-da birnäçe gendäki mutasiýalary kesgitleýär) we birnäçe synagdan geçmek ukyby çäklidir.
Immunohistohimiýa (IHC), ERBB2 (HER2) we estrogen reseptorlary ýaly biomarkerleriň aňladylyşyny kesgitlemek üçin ulanylýan belok esasly gözegçilik guralydyr. IHC belli bir üýtgän beloklary (BRAF V600E ýaly) we belli bir gen birleşmelerini (ALK birleşmesi ýaly) ýüze çykarmak üçin hem ulanylyp bilner. IHC-iň artykmaçlygy, adaty dokuma derňew prosesine aňsatlyk bilen birleşdirilip bilner, şonuň üçin beýleki synaglar bilen birleşdirilip bilner. Mundan başga-da, IHC öýjükli beloklaryň lokalizasiýasy barada maglumat berip biler. Adetmezçilikleri çäkli ulalmak we ýokary guramaçylyk talaplary.
Ikinji nesil yzygiderliligi (NGS) NGS, DNK we / ýa-da RNK derejesinde üýtgemeleri kesgitlemek üçin ýokary geçişli parallel yzygiderlilik usullaryny ulanýar. Bu usul tutuş genomy (WGS) we gyzyklanýan gen sebitlerini yzygiderlilikde ulanmak üçin ulanylyp bilner. WGS iň giňişleýin genom mutasiýa maglumatlary berýär, ýöne kliniki taýdan ulanylmagyna köp päsgelçilikler bar, şol sanda täze çiş dokumalarynyň nusgalaryna zerurlyk (WGS entek formalin-immobilizlenen nusgalary seljermek üçin amatly däl) we ýokary çykdajy.
Maksatly NGS yzygiderliligi tutuş ekson yzygiderliligini we maksatly gen panelini öz içine alýar. Bu synaglar DNK zondlary ýa-da PCR güýçlendirilmegi bilen gyzyklanýan sebitleri baýlaşdyrýar, şeýlelik bilen zerur yzygiderliligi çäklendirýär (tutuş genom geniň 1-2 göterimini, hatda 500 geni öz içine alýan uly paneller geniň diňe 0,1 göterimini düzýär). Exon yzygiderliligi formalin bilen kesgitlenen dokumalarda gowy ýerine ýetirýän hem bolsa, onuň bahasy ýokary bolmagynda galýar. Maksatly gen kombinasiýalary birneme tygşytly we genleri saýlamakda çeýeligi üpjün edýär. Mundan başga-da, erkin DNK (cfDNA), suwuk biopsiýa diýlip atlandyrylýan rak keselini genom seljermek üçin täze wariant hökmünde ýüze çykýar. Düwürtik öýjükleri we adaty öýjükler DNK-ny gana goýberip bilerler we rak öýjüklerinden dökülen DNK, çiş öýjüklerinde bolup biljek mutasiýalary kesgitlemek üçin derňelip bilýän aýlanyş çiş DNK (ctDNA) diýilýär.
Synagy saýlamak, çözülmeli anyk kliniki meselä baglydyr. Makullanan bejergiler bilen baglanyşykly biomarkerleriň köpüsini Balyk, IHC we PCR usullary bilen kesgitläp bolýar. Bu usullar az mukdarda biomarkerleri ýüze çykarmak üçin ýerliklidir, ýöne geçirijiligiň ýokarlanmagy bilen kesgitlemegiň netijeliligini ýokarlandyrmaýar we köp biomarker tapylsa, ýüze çykarmak üçin dokuma ýeterlik bolmaz. Dokma nusgalaryny almak kyn bolan we barlamak üçin birnäçe biomarker bar bolan öýken ragy ýaly käbir düwnük kesellerinde, NGS-ni ulanmak has gowy saýlawdyr. Sözümiň ahyrynda, derňewi saýlamak, her bir näsag üçin barlanjak biomarkerleriň sanyna we biomarker üçin barlanjak näsaglaryň sanyna baglydyr. Käbir hadysalarda IHC / Balyk ulanmak ýeterlikdir, esasanam maksat kesgitlenende, estrogen reseptorlaryny, progesteron reseptorlaryny we döş rak kesellerinde ERBB2 kesgitlemek. Genomiki mutasiýa barada has giňişleýin gözleg we potensial bejeriş maksatlaryny gözlemek zerur bolsa, NGS has tertipli we tygşytly. Mundan başga-da, IHC / Balyk netijeleriniň düşnüksiz ýa-da netijesiz bolan ýagdaýynda NGS göz öňünde tutulyp bilner ..

Dürli görkezmeler näsaglaryň genetiki synagdan geçmäge hukugy bolmalydygy barada görkezmeler berýär. 2020-nji ýylda ESMO takyk lukmançylyk iş topary ösen rak keseli bilen kesellänler üçin ilkinji NGS synag maslahatyny berdi, ownuk öýjükli öýken ragy, prostata mäziniň, kolorektal düwnük keseli, öt ýoly düwnük keseli we ýumurtgalyk düwnük keseliniň nusgalaryny yzygiderli NGS barlagyny maslahat berdi we 2024-nji ýylda ESMO bu esasda täzelenip, döş mäziniň we seýrek çişleriň goşulmagyny maslahat berdi. Aşgazan-içege stromal çişleri, sarkomalar, tiroid raklary we näbelli gelip çykyş raklary ýaly.
2022-nji ýylda ASCO-nyň metastatiki ýa-da ösen rak keseli bolan näsaglarda somatiki gen barlagy baradaky kliniki pikiri, metastatiki ýa-da ösen gaty çişli näsaglarda biomarker bilen baglanyşykly bejergi tassyklansa, bu hassalar üçin genetiki synagyň maslahat berilýändigini aýdýar. Mysal üçin, metastatiki melanoma bolan näsaglarda BRAF V600E mutasiýalaryny barlamak üçin genom barlagy geçirilmelidir, sebäbi bu görkezme üçin RAF we MEK ingibitorlary tassyklanýar. Mundan başga-da, näsaga berilýän derman üçin garşylyk görkezijisi bar bolsa, genetiki synag hem geçirilmelidir. Mysal üçin, Egfrmab, KRAS mutant kolorektal düwnük keselinde netijesiz. Näsagyň gen yzygiderliligine laýyklygy göz öňünde tutulanda, näsagyň fiziki ýagdaýy, oňaýsyzlygy we çiş tapgyry birleşdirilmelidir, sebäbi genleriň yzygiderliligi, näsaglaryň razyçylygy, laboratoriýa taýdan işlemek we yzygiderliligiň netijelerini seljermek ýaly zerur ädimler hassanyň ýeterlik fiziki kuwwatyny we ömrüni dowam etdirmegini talap edýär.
Somatik mutasiýa bilen birlikde, käbir rak keselleri hem germin genleri üçin barlanmalydyr. Mikrob çyzygynyň mutasiýalaryny barlamak, döş, ýumurtgalyk, prostata we aşgazan asty mäzlerinde BRCA1 we BRCA2 mutasiýa ýaly rak kesellerini bejermek kararlaryna täsir edip biler. Germlin mutasiýa geljekde näsaglarda rak keselini barlamak we öňüni almak üçin hem täsir edip biler. Germin mutasiýalaryny barlamak üçin mümkin bolan hassalar, düwnük keseliniň maşgala taryhy, diagnozyň ýaşy we düwnük görnüşi ýaly faktorlary öz içine alýan käbir şertlere laýyk gelmelidir. Şeýle-de bolsa, mikrob çyzygynda patogen mutasiýa göterýän hassalaryň köpüsi (50% -e çenli) maşgala taryhyna esaslanýan mikrob çyzygynyň mutasiýalaryny barlamak üçin adaty ölçeglere laýyk gelmeýär. Şol sebäpden, mutasiýa göterijilerini has köp kesgitlemek üçin Milli hemmetaraplaýyn düwnük ulgamy (NCCN) döş, ýumurtgalyk, endometrial, aşgazan asty mäz, kolorektal ýa-da prostat keseli bilen kesellänleriň hemmesine ýa-da köpüsine mikrob çyzygynyň mutasiýa üçin synag edilmegini maslahat berýär.
Genetiki synagyň wagty barada aýdylanda, kliniki taýdan ähmiýetli sürüjiniň mutasiýalarynyň aglaba bölegi klonly we düwnük keseliniň barşynda birneme durnukly bolany üçin, ösen rak keseli anyklanylanda näsaglarda genetiki synag geçirmek ýerliklidir. Soňky genetiki synag üçin, esasanam molekulýar maksatly bejergiden soň, ctDNA barlagy çiş dokumasynyň DNK-dan has peýdalydyr, sebäbi gan DNK-da ähli çiş şikeslerinden DNK bolup biler, bu bolsa çişiň birmeňzeşligi barada maglumat almak üçin has amatlydyr.
Bejergiden soň ctDNA-nyň seljermesi, bejergä çişiň täsirini çaklamagy we adaty şekillendiriş usullaryndan has ir keseliň ösüşini kesgitläp biler. Şeýle-de bolsa, bejergi kararlaryny ugrukdyrmak üçin bu maglumatlary ulanmak üçin teswirnamalar döredilmedi we kliniki synaglarda bolmasa ctDNA derňewi maslahat berilmeýär. Radikal çiş operasiýasyndan soň ownuk galyndy zeperlerine baha bermek üçin ctDNA hem ulanylyp bilner. Operasiýadan soň ctDNA barlagy, indiki keseliň ösüşiniň güýçli çaklaýjysy bolup, hassanyň goşmaça himiýa terapiýasyndan peýdalanjakdygyny ýa-da ýokdugyny kesgitlemäge kömek edip biler, ýöne henizem himiýa bejergisi kararlaryny ugrukdyrmak üçin kliniki synaglaryň daşynda ctDNA ulanmak maslahat berilmeýär.

Maglumatlary gaýtadan işlemek Genom yzygiderliliginiň ilkinji ädimi hassalaryň nusgalaryndan DNK çykarmak, kitaphanalary taýýarlamak we çig yzygiderlilik maglumatlary döretmekdir. Çig maglumatlar pes hilli maglumatlary süzmek, salgylanma genomy bilen deňeşdirmek, dürli analitiki algoritmler arkaly dürli mutasiýa görnüşlerini kesgitlemek, bu mutasiýalaryň belok terjimesine täsirini kesgitlemek we mikrob çyzygynyň mutasiýalaryny süzmek ýaly goşmaça işlemegi talap edýär.
Sürüji gen düşündirişi sürüjini we ýolagçy mutasiýalaryny tapawutlandyrmak üçin döredildi. Sürüjiniň mutasiýa, çişiň basyryjy gen işjeňliginiň ýitmegine ýa-da güýçlenmegine getirýär. Ösümligi basyryjy genleriň hereketsizleşmegine sebäp bolýan kiçijik wariantlar manysyz mutasiýa, çarçuwaly mutasiýa we esasy bölüniş ýer mutasiýa, şeýle hem kodonyň ýygy-ýygydan öçürilmegi, kodonyň ýok edilmegini duruzmak we içerki goýmak / öçürmek mutasiýalaryny öz içine alýar. Mundan başga-da, ýalňyş mutasiýa we ownuk içerki goýmak / öçürmek mutasiýa, möhüm funksional domenlere täsir edende, çişiň basyjy gen işjeňliginiň ýitmegine sebäp bolup biler. Ösümligi basyryjy gen işjeňliginiň ýitmegine sebäp bolýan gurluş wariantlary geniň bölekleýin ýa-da doly ýok edilmegine we gen okamak kadasynyň ýok edilmegine sebäp bolýan beýleki genom görnüşlerine degişlidir. Onkogenleriň güýçlendirilen işine alyp barýan kiçijik wariantlar, möhüm belok funksiýalaryny nyşana alýan ýalňyş mutasiýa we wagtal-wagtal içerki goýulmalar / pozulmalary öz içine alýar. Seýrek ýagdaýlarda beloklaryň kesilmegi ýa-da bölünen ýerleriň üýtgemegi, onkogenleriň işjeňleşmegine sebäp bolup biler. Onkogeniň işjeňleşmegine getirýän gurluş üýtgemelerine gen birleşmegi, geniň ýok edilmegi we geniň köpelmegi degişlidir.
Genom üýtgemeleriniň kliniki düşündirişi kesgitlenen mutasiýalaryň kliniki ähmiýetine, ýagny anyklaýyş, prognoz ýa-da bejeriş ähmiýetine baha berýär. Genom üýtgeýşiniň kliniki düşündirişine ýol görkezmek üçin ulanyp boljak birnäçe subutnama esasly bahalandyryş ulgamy bar.
“Memorial Sloan-Kettering” rak kesel merkeziniň takyk lukmançylyk onkologiýa maglumatlar bazasy (OncoKB) gen görnüşlerini neşe serişdelerini ulanmagyň çaklaýyş bahasyna görä dört derejä bölýär: 1/2 dereje, FDA tarapyndan tassyklanan ýa-da tassyklanan dermana belli bir görkezijiniň jogabyny çaklaýan kliniki standart biomarkerler; 3-nji dereje, kliniki synaglarda wada beren täze maksatly dermanlara jogap bermegi çaklaýan FDA tarapyndan tassyklanan ýa-da tassyklanmadyk biomarkerler, kliniki synaglarda ynandyryjy biologiki subutnamalary görkezýän täze maksatly dermanlara jogap bermegi çaklaýan 4-nji dereje, FDA tarapyndan tassyklanmadyk biomarkerler. Bejergi garşylygy bilen baglanyşykly bäşinji kiçi topar goşuldy.
Amerikanyň molekulýar patologiýa jemgyýeti (AMP) / Amerikan kliniki onkologiýa jemgyýeti (ASCO) / Amerikan patologlar kolleji (CAP) somatik üýtgemäni düşündirmek boýunça görkezmeler somatik üýtgemäni dört kategoriýa bölýär: Güýçli kliniki ähmiýete eýe I synp; Mümkin bolan kliniki ähmiýeti bolan II synp; III synp, kliniki ähmiýeti belli däl; Kliniki taýdan ähmiýeti ýok IV synp. Bejergi kararlary üçin diňe I we II synp görnüşleri gymmatlydyr.
ESMO-nyň molekulýar maksatly kliniki işleýiş terezisi (ESCAT) gen wariantlaryny alty derejä bölýär: I dereje, adaty ulanmak üçin niýetlenen nyşanlar; Ikinji tapgyr, henizem öwrenilýän maksat, maksatly dermandan peýdalanyp bilýän hassalaryň sanyny barlamak üçin ulanylar, ýöne muny goldamak üçin has köp maglumat gerek. III synp, beýleki rak kesellerinde kliniki peýdany görkezýän gen görnüşleri; IV synp, diňe takyk subutnamalar bilen goldanýan gen görnüşleri; V synpda, mutasiýany nyşana almagyň kliniki ähmiýetini tassyklaýan subutnamalar bar, ýöne nyşana garşy bir dermanly bejerginiň ömri uzalmaýar ýa-da bejeriş strategiýasy kabul edilip bilner; X synp, kliniki ähmiýetiň ýoklugy.